先天性心脏病的发病原因，目前尚不是十分的明确，而且发病的机制也比较的复杂。只能是遗传和环境等多方面的因素相互作用的结果，目前已知的危险因素有：怀孕早期的病毒感染，海拔的高度，胎儿的受压，妊娠早期的先兆流产，放射线和细胞毒性药物在妊娠早期的应用和母亲的年龄过大（高龄产妇），糖尿病等因素。在先天性心脏病的患者中，能够查到病因是非常少数的。而目前所做的就是加强对孕妇的保健。这些就包括在孕妇怀孕的早期阶段，要积极的预防风疹、流感等病毒性的疾病。要多吃新鲜的蔬菜，补充充足的维生素，尽量适龄怀孕，不要随便的用药，并且要定期的产前检查。