先天性心脏病的主要原因是家族史，遗传因素占很大一部分，因为机体的染色体异常，还有基因异常所导致。另外，孕妇在怀孕早期前3个月的时候，孩子重要脏器形成的关键阶段，发生了病毒感染或者是风疹病毒、柯萨奇病毒感染引起的动脉导管未闭，还有肺动脉口的狭窄，也可以造成心内膜的弹力纤维增生；或者是身处在高原地区，因为缺氧引起来的动脉导管未闭，还有房间隔缺损先心病的发生率很高的。有些先天性心脏病可能和性别倾向有关系，环境因素也占一部分。