房间隔缺损早期，多数患儿症状不明显，仅表现为生长慢及反复的呼吸道感染。青春期后，由于病情的发展，患儿可出现肺动脉高压，右心负荷进一步加重，症状逐渐明显，表现为易疲劳，活动后心慌、气短、咳嗽，活动量明显受限。到了晚期，甚至可出现活动后昏厥、发绀、咯血等症状。典型的患者，查体时在胸骨左缘第2-3肋间，可闻及收缩期喷射性杂音，伴肺动脉瓣区第二心音固定分裂或亢进。晚期患者可出现发绀、杵壮指（趾）、水肿、肝大等心力衰竭体征。