腘窝囊肿门诊费用通常在1000元左右，住院费用通常在3000-5000元左右，根据医院的等级不同，费用有所不同。对于轻度的腘窝囊肿，可以经局部穿刺加压包扎、限制活动使症状得到明显缓解；对于长期反复出现的腘窝囊肿，需要进行手术治疗；对于严重的关节活动受限、局部疼痛、小腿酸痛、麻木症状的患者需要手术治疗。手术彻底切除腘窝囊肿，清除滑液并找到囊肿底部与关节相通的通道，进行局部的重叠缝合、加压包扎，使症状得到彻底的治愈。