骨结核的治疗越早，治疗的效果越好，此时病变较为局限，对骨以及关节破坏较轻。这时使用抗结核药物，例如异烟肼、利福平、乙胺丁醇等，可以控制病情。同时，增加营养，提高患者抵抗力。如果未得到及时治疗，骨结核继续发展，有可能对骨关节造成破坏，出现大量脓液、死骨、干酪样肉芽肿、豆渣样物质，形成寒性脓肿。如果皮肤破溃形成窦道，可长期流脓，经久不愈。这时除全身应用抗结核药物治疗外，还需要对关节腔内局部用药。脓肿较大的患者，则需要切开引流以及病灶清除手术。脊柱结核突破椎体，压迫脊髓引起的截瘫患者，要进行椎管减压手术治疗。有骨缺损的患者，还要植入松质骨。