腹腔灌注化疗也有一些副作用，比如在腹腔穿刺的时候，可能会造成局部穿刺点出血、感染，还有误伤肠管。另外化疗药物注入过程中，也有可能对局部的皮肤、肠管黏膜等造成损伤。
化疗药物直接作用于腹腔，有可能患者感觉腹痛、腹胀以及局部有刺痛感，这种情况属于化疗药物的影响，只要没有出现肠穿孔等严重的副反应，都是可以耐受的。腹腔灌注化疗将化疗药物直接作用于腹腔病灶上，可能效果更加直接一点。有的时候可以联合静脉化疗或者单独使用，一般用于卵巢等恶性肿瘤比较多。