慢性肾盂肾炎常由迁延不愈的复杂性尿路感染演化而来，首先要积极寻找泌尿系畸形或梗阻的原因，及时去除这些原因，有可能减少慢性肾盂肾炎的发生。如果肾盂肾炎急性发作，治疗上需要应用敏感抗生素治疗，疗程一般14天甚至更长。处于非急性发作期，需要根据不同的表现，按照慢性肾脏病治疗。如果患者有肌酐升高，需要应用降低肌酐、保护肾脏的药物，比如尿毒清、海昆肾喜、药用炭片等。如果有高血压，需要应用降压药物，比如ACEI或ARB类药物治疗。如果有肾性贫血，需要补充造血原料以及促红细胞生成素。如果进展为尿毒症，需要进行透析治疗。