儿童白血病的发病原因目前并不是十分清楚，大部分人认为儿童的白血病跟遗传因素和环境因素有关系。遗传因素，主要是由于孩子的染色体和基因发生变异导致的，目前已知的白血病当中，有一种费城染色体发生变异的时候，可以导致孩子出现慢性髓系白血病。
再有就是白血病的发生跟环境因素有直接关系，比如说孩子长期处在电离辐射，比如说核辐射或者是X射线的条件下，或者是孩子生活的环境当中容易接触到致癌物质，比如说新装修的房子中含有大量的苯，或者是父母一方从事的是理发店行业，理发店当中的染发剂含有大量的化学物质，也可以导致白血病的发病风险明显增高。还有一部分认为跟一些特殊的病毒感染有关系，比如说艾滋病病毒或者是其他的病毒。