脑CT的副作用主要指放射线对人体的放射损伤，比如频繁的脑CT检查会使人体收到大量的射线损伤，出现白细胞的下降、生殖细胞损伤、各脏器肿瘤发生率增加等情况。
实际上脑CT技术越来越先进，仪器越来越好，对人体扫描的时间越来越短，对人体放射性的辐射量也越来越低。特别是高排数的CT，对人体的辐射量更低，远远低于国家规定的安全范围。
所以单次脑部CT不会对人体有明显影响，患者不必要太担心。原则上如果没有必要做CT，做的次数越少越好，医生会根据患者的具体情况选择合适的检查方法。