总起口腔溃疡得的是复发性阿弗他溃疡，目前病因不清，说法不一，没有一个统一的观点。学者普遍认为复发性阿弗他溃疡，可能是由多种因素共同作用的结果，可能的原因有：
1、免疫功能异常，可以出现细胞免疫异常，也可以出现体液异常或者自身免疫异常。
2、遗传因素，认为复发性阿溃疡具有遗传倾向，可能是单遗传，也可以是多基因遗传。
3、和一些系统性疾病相关，有些人除了得复发性阿弗他溃疡，还有胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎等等。
4、感染因素，目前是否和细菌感染有关还存在一定的争议。
5、和地理环境、人种等等有关，也有人认为和一些微量元素或维生素缺乏有关。