克罗恩病作为炎性肠病的一种，最常见的并发症主要是营养不良，由于克罗恩病往往影响的病变肠管较长，会影响到营养物质的吸收，所以很常见的会导致营养不良。还有的并发症就是贫血，因为有些克罗恩病是一些溃疡性的病变，会有慢性的消化道出血的情况，所以会有贫血。克罗恩病还有的常见并发症是肠梗阻，随着克罗恩病变的变大，可能会出现完全性的肠梗阻表现。克罗恩病的并发症还有急性穿孔，由于克罗恩病有溃疡，可以导致急性穿孔的发作，克罗恩病的并发症还有腹腔内脓肿的形成。