有的进行了根管治疗，仍然残留了一些细菌，引起细菌性的根尖炎。有的是由于根管的冲洗液或者根管充填材料超出了根尖孔，引起了根尖周围炎。也可以是根管内一些异物进入了根尖，引起根尖周围炎。
一般进行根管治疗，不会引起根尖周围炎，也有一些特殊情况，比如在根尖区的根管部分有一些侧支，在进行根管治疗的时候，这些小侧支内的细菌很难去除。这些细菌就会从侧支达到根尖部分，引起根尖周围的炎症，造成根尖周炎。也有可能在根管冲洗的过程当中力量过大，冲洗液超出了根尖孔，进入到根尖周围，或者根管充填的材料也超出了根尖孔，达到根尖周围，引起根尖周炎。也有个别的，有一些扩大针、拔髓针折断，超出了根尖孔，也可以引起根尖周炎。