新生儿一般情况比较差，症状比较严重，合并小肠结肠炎或严重的先天性畸形，可以暂行肠造瘘，待情况改善之后，大约在半年左右的时间，再行根治的手术。如果患儿情况比较良好，诊断明确，医院设备完善，麻醉及外科医师的技术娴熟，为减轻家长的负担，也可以一起进行根治。如果患儿情况还好，也可以用保守的疗法。保守的疗法适用于一些新生儿的局限性短暂的巨结肠，比如用灌肠的方法，或扩张直肠和肛管都可以。另外，可以用针灸的方法，来尝试治疗新生儿的先天性巨结肠，来缓解肠胀气、便秘症状。