磷霉素钠主要用于敏感菌所致的呼吸道感染、皮肤软组织感染、肠道感染、泌尿系统感染、败血症、腹膜炎、脑膜炎、骨髓炎、子宫附件炎、子宫感染、盆腔炎等。还可与其他抗生素联合应用治疗由敏感菌所致的重症感染，也可与万古霉素合用，以治疗耐甲氧西林金葡菌导致的感染。
磷霉素钠的主要副作用是引起轻度胃肠道反应，如恶心、纳差、中上腹不适、稀便或轻度腹泻，一般不影响继续用药。在快速及大剂量滴注时偶见静脉炎，因此在静脉滴注时速度宜缓慢。在应用较大剂量时，应监测肝功能指标。