先天性尿道下裂的原因目前不是很清楚，但是与很多诱因有关。男性的尿道下裂就是患儿在胚胎发育期，尿道发育发生障碍，尿道外口不会延伸到阴茎头部，可能在会阴部、阴囊或者阴茎体的某一个部位发生断裂，然后出现尿道口，这种情况就是先天的尿道下裂。尿道下裂的发病诱因主要和母亲怀孕期间发生的外界刺激有关，比如使用过量的激素或者周围环境的污染、受到辐射或者患儿有遗传因素都可能有关系。