隐睾手术后，睾丸萎缩的概率大约5%-10%。隐睾手术后，睾丸萎缩主要与发现隐睾时，隐睾异常的严重性有关。在不可触及的隐睾中，隐睾萎缩的危险性大于腹股沟管可触及的隐睾，也就是在腹膜后隐睾发生萎缩的概率要大。在睾丸发育畸形中，睾丸比较小的发生萎缩的可能性也更大。对于多次局部进行手术，可能对睾丸造成损伤，这种情况发生萎缩的可能性也大。对于隐睾手术，建议早期发现，早期手术下降，这是最佳的预防萎缩的方式。