隐睾手术后，睾丸萎缩的发生率5%-10%。发生的原因主要与就诊时，发现睾丸异常的严重性有关。在不可触及的隐睾中，睾丸萎缩的危险性大于腹股沟管可触及的睾丸，也就是在腹膜后隐睾发生萎缩的概率要高。在睾丸发育畸形者中，术中发现睾丸小于正常，这种情况发生萎缩的概率也应该增高。有多次局部手术史，也可能导致睾丸萎缩发生率增加。对于睾丸萎缩，应该密切观察。虽然睾丸萎缩，但是还有正常的生精功能，也有分泌雄性激素的功能。