肥厚梗阻型心肌病主要是指心室肥厚的同时，伴有左室流出道的梗阻。常见的临床表现包括呼吸困难，这种呼吸困难大多数是以劳力性呼吸困难为主，在剧烈的活动之后，呼吸困难会出现明显的加重。
心前区的疼痛，当出现心肌供血障碍的时候，会表现为心前区的疼痛，大多数是劳力性心绞痛。由于心肌排血量的下降，会出现乏力、头晕，甚至晕厥的症状，主要是组织器官的灌注不足。
还可以表现为心悸、心慌，严重的肥厚梗阻型心肌病会出现心力衰竭的症状，常常偏于左心衰竭，在呼吸困难的同时，表现为急性的肺水肿、咳嗽、咳痰或者粉红色的泡沫样痰。