巧克力囊肿的病因是由于子宫内膜异位症引起的。子宫内膜异位到了卵巢上面，卵巢上面的子宫内膜会增生、脱落、出血，每个月周而复始，但是卵巢没有通向外界的出口，产生内膜异位的出血不能排出体外，会越积越多，从而形成卵巢巧克力囊肿。对于卵巢巧克力囊肿，一经诊断需要尽快的手术治疗，手术后送病理化验，根据病理情况决定下一步如何治疗。如果是巧克力囊肿引起的，需要术后予达菲林等治疗三针，可以预防短期内的复发；巧克力囊肿的病人也可以口服孕三烯酮，对于防止复发也是有一定帮助作用的。