原发性舌咽神经痛，病因多数不明，部分患者发病前有上感史，一般认为由于舌咽神经、迷走神经脱髓鞘变化，引起舌咽神经的传入冲动与迷走神经之间发生短路，导致舌咽神经出现痛性抽搐。继发性舌咽疼痛的原因，颅内舌咽神经受损，可有桥小脑角和颅后窝的肿瘤、上皮样瘤、局部感染、血管性疾病、颈静脉孔骨质增生、舌咽神经变。颅外的舌咽神经受损，可有茎突过长、鼻咽部和扁桃体区的肿瘤、慢性扁桃体炎、扁桃体脓肿等。它的发病机制是由于这些地方压迫舌咽神经痛，除脑干区的部位，导致舌咽神经痛性抽搐。