诱发窦性心律不齐的原因，有生理性的也有病理性的。呼吸性的窦性心律不齐，发病机理是由于在呼吸过程中，体内迷走神经与交感神经张力发生变化，使窦房结的自律性也因此发生周期性、规律性的改变。在吸气时，交感神经张力增高，心律增快。在呼气时，迷走神经张力增高，心律变慢。心律快慢变化的周期恰恰等于一个呼吸周期，这种情况一般多发生于儿童、青年和老年，属于一种正常的生理现象。
还有一些情况诱发心律不齐，有人认为与情绪激动、生气或者使用某种药物有关，比如洋地黄、吗啡等。另外，异位心律也可以诱发窦性心律不齐。异位心律尤其是发自心房的异位搏动，有可能使窦房结的激动提早发生，继而窦房结受到抑制，导致发生一过性的异位激动所诱发的窦性心律不齐。