先天性心脏病有一定遗传倾向，有许多证据表明，遗传因素对先天性心脏病有一定的影响。患先天性心脏病的父母，其子女的先天性心脏病患病率要远高于一般人群。
大多数先天性心脏病是多基因的遗传缺陷，部分可为单基因遗传缺陷或染色体畸变所致。单基因遗传缺陷是由单个基因的异常导致的疾病发生，包括肺动脉瓣狭窄、瓣膜缺损、室间隔缺损等。
多基因遗传缺陷是指多对致病基因的累积效应，导致的疾病出现，是遗传因素与环境因素共同作用的结果，在临床中完全性房室间隔缺损等疾病就是由多基因缺陷造成。