磁共振平扫检查不会痛，但是病人可能会有其他的症状，比如在检查的过程中有可能会出现轻度发热，因为核磁共振检查的过程中人体体温会升高1℃左右，所以敏感的患者可能会觉得有一点热。
有的患者会因为空间比较密闭，检查时间也比较长，导致血压以及心率会有所升高，但是暂时性的表现，而且升高的程度不会很大，检查结束之后基本上就可以恢复正常。核磁共振检查时噪音比较大，大概在60-80dB之间，有的患者可能会产生耳部的不适，但是在这之前医生都会为其戴上专业的耳塞来尽量减轻这种不适。如果患者做的是增强核磁共振检查，在通过静脉注射对比剂的时候会有一点疼痛。