扁桃体发炎，咳嗽有黄痰，很有可能是急性扁桃体炎并发急性的支气管炎，造成咳黄色的脓痰。治疗上主要是应用足量敏感类的抗生素，常用的抗生素主要是青霉素类或者第一、第二代头孢菌素类的抗生素，可以根据病情的轻重程度决定给药的途径，如口服或者静脉注射。
局部可以应用复方硼砂溶液或者复方氯己定溶液漱口，及时清理掉扁桃体上的脓性分泌物，局部可以喷用呋喃西林溶液。本病具有一定的传染性，需要卧床休息，多饮水，加强营养，疏通大便。
如果咽痛或者并发高热时可以给予解热镇痛药，如果黄痰比较多，可以口服盐酸氨溴索口服液或者应用黏膜促排剂，如标准桃金娘油。