病毒性结膜炎主要以眼睛局部用药为主，可以滴用抗病毒眼药水，例如0.1%的阿昔洛韦滴眼液以及更昔洛韦眼用凝胶，急性期每2小时一次，平时可以一天4次滴眼。当角膜有侵润时，可以加用糖皮质激素类滴眼液，例如0.1%的地塞米松滴眼液、0.1%的氟米龙滴眼液或者1%的醋酸泼尼松龙滴眼液，一天4次。也可以在眼睛局部冷敷，使用人工泪液性质的眼药水，可以缓解症状，例如亮视滴眼液、玻璃酸钠滴眼液，一天3-4次。