对于小三阳的患者，最佳的治疗时间是在肝炎急性发作的时候。急性发作时口服抗病毒药物能够有效的清除病毒，抑制病毒的复制，并且使肝炎得到好转。乙肝抗病毒的药物，目前标准的推荐药物包括恩替卡韦及替诺福韦，能够有效抑制乙肝病毒的复制，延缓肝纤维化、肝硬化的发展，并且降低肝癌的发生概率。
目前还不能够完全清除乙肝病毒，因此大部分乙肝携带者都属于终身携带的状态。对于乙肝携带者建议每半年定期进行肝病的体检，体检的目的主要是随访是否有肝炎、肝纤维化、肝硬化甚至肝癌的发生。乙肝携带者如果体检完全正常，就属于健康携带者。