卵巢巧克力囊肿是不能自愈的，除非患者绝经了，不来月经了。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢，目前是医学难题，是一种良性的病变，恶性的行为。对于异位到卵巢上的子宫内膜，每个月也在不断的增生、脱落、出血，但是，因为卵巢没有通向外界的通路，每个月的月经血不能从卵巢内排出，越积越多，形成了卵巢的巧克力囊肿。所以，对于卵巢巧克力囊肿的病人，建议手术治疗。手术之后，建议患者尽快追加达菲林或者孕三烯酮等，防止短期内的复发。