肾囊肿可以由很多原因引起：1、先天遗传因素是肾囊肿最常见的原因之一；2、基因突变也引起肾囊肿的发病原因之一；3、各种中毒对肾脏的损伤，例如常见的毒物，有农药、化学制剂、放射线、污染等等；4、有些感染的原因产生了有利于肾囊肿基因变化的因素，也可引起肾囊肿；5、现代医学研究证明，不良的情绪变化也是诱发肾囊肿发生的因素之一。