目前肾囊肿微创手术大体分两种：
1、腰部小切口肾囊肿切除术，手术费用大约为1500元左右。此种手术需要在腰部切一个4cm左右的切口，通过特殊的拉钩达到肾脏囊肿的部位，在直视下予以囊肿切除，切口大约长4cm左右，属于较早的做法。
2、腹腔镜下肾囊肿去顶减压术或囊肿完全切除手术，此种手术只需要在腰部打3个孔，孔的直径大约为1cm左右，即可完成肾囊肿手术，手术价格大约为2600元左右。肾囊肿微创手术均需要全身麻醉后进行治疗，全身麻醉费用大约为2000元左右，住院周期需要7-10天。
术后需要观察1-2日才可下地活动。术后需要带腰部引流管一根，通常引流管于术后3-5天内拔除。