舌咽神经痛分为原发性舌咽神经痛和继发性舌咽神经痛。原发性舌咽神经痛指无明显原因导致舌咽神经脱髓鞘的改变，出现咽喉部、扁桃体、耳深部的疼痛，而继发性的舌咽神经痛没有上述改变，是继发于桥小脑角区有肿瘤、颈部肿瘤、神经退行性变而导致的舌咽神经损伤，从而出现临床症状，这种症状称之为继发性舌咽神经痛。