舌咽神经痛主要表现为咽喉部、舌后根、扁桃体、耳深部疼痛，对于此区域疼痛应予以鉴别。如患者表现为急性咽峡炎、扁桃体炎或口腔炎，皆为咽喉部不适，如慢性咽炎的急性发作，也可表现为咽喉部疼痛。此类患者可先就诊于口腔科或耳鼻喉科予以明确诊断，如上述症状皆无明显异常，考虑舌咽神经痛。