药物流产之后有没有进行干净，不能通过肚子疼不疼来进行判断。因为肚子疼可能是因为子宫内膜脱落造成子宫收缩而引起的疼痛，这个没有参考的标准。药物流产之后一般出血时间为7-10天左右，如果超过这个时间，建议要去医院进行复查彩超，看一下子宫内残留了多少。
如果子宫内残留的比较少，在1cm以下，可以继续口服药物治疗，有时候随着来一次月经就可能恢复正常。如果子宫内残留的组织比较大，大于1cm，这个时候建议进行清宫，以免长时间的出血可能会造成感染或者贫血的情况发生，同时对子宫也会造成一定的损害。所以要及时的恢复正常，才能避免这样的损害。