肛瘘患者麻醉完成后，一般30分钟就可以解决肛瘘的问题。对于高位复杂性肛瘘患者，在治疗过程中，需要采取挂线的治疗方法，可能需要半个小时或1个小时的时间。对于高位复杂性肛瘘患者，假如瘘管比较深，创腔比较大，在手术的过程中，创腔越深，血供越丰富，并且很容易出血，在出血的过程中不容易及时处理，有的可能需要1个小时到1个半小时的时间。所以，肛瘘手术要多长时间，没有明确的时间规定，主要看患者的复杂程度，还有患者肛瘘手术是否好做，不好做的肛瘘，时间更长一些；好做的肛瘘，比较顺利的，有可能时间更短一些。