病理科的检查项目主要有活体组织检查、细胞学检查、冰冻快速切片检查、免疫组织化学检查、特殊染色检查、免疫荧光检查，以及分子病理检查等。采用以上检查方法能综合判断病灶的性质，增加诊断的准确性，并且协助临床医生查明疾病的原因，从而决定下一步的治疗方法，还可以协助判断疾病的预后。
病理科的检查项目必须与患者的临床病史、其它辅助检查相结合，否则容易出现诊断的方向偏差。以上检查项目也不需要每项都要做，可以根据具体情况，选择其中的几种检查方法。