天生扁桃体肿大，说明胎儿在母体内即接触到病毒或者细菌的侵害，而诱发出扁桃体自身的免疫反应，而导致扁桃体反复的发炎。其危害首先是因为出现了扁桃体的肿大，出生时即可出现睡眠打鼾及憋气的情况。可能会影响到婴儿的吞咽、饮食及生长发育，其阻塞呼吸道，而且伴随晚上睡眠时的严重缺氧，都会影响孩子的生长发育。孩子在青春期之前接触到病毒细菌的感染，就很容易诱发扁桃体的反复发炎或者化脓，严重的还会伴发有心肌炎、肾炎等并发症。