肛周脓肿最好的治疗方法，当然是手术治疗。肛周脓肿是只有通过手术才能够治愈的疾病，通过其他的静滴、口服抗生素，都只能暂时的缓解症状，不能从根本上治愈这种疾病。即便是症状得到缓解，也会复发，所以手术才是根治肛周脓肿唯一的办法。
肛周脓肿的发病是因为在肛窦附近存在原发性内口，由内口进入致病菌，导致肛门周围脂肪组织的化脓感染。需要手术切开脓腔，把脓液引出来，可以很大程度上缓解肛周脓肿的疼痛。更关键的部分是处理内口，把内口切除，让它完全长好之后，才能彻底的治愈。