肛周脓肿和毛囊炎还是有很大的区别，虽然都发生在肛门周围。肛周脓肿是因为在齿线上，肛窦附近存在原发性内口，进入致病菌，产生肛周皮下的脂肪感染、化脓，导致特别剧烈的疼痛，常伴有发热等全身症状，疼痛剧烈，进展迅速，这是需要手术才能够解决的疾病，所以如果是肛周脓肿，需要尽快手术才能够解决。
毛囊炎虽然也发生在肛门的皮肤周围，局部疼痛比较明显，但是与肛门、直肠无关，与肛窦没有病理性联系，一般没有坠胀感，对排便的影响不大，所以这两个病还是有很大的区别。毛囊炎不需要手术治疗，破溃之后里边的脓液流出来就好。