舌咽神经痛的最主要的发病原因，是由于舌咽神经根部受到周围血管挤压导致的。舌咽神经本身就像一把电缆线，它的每个神经纤维之间是有绝缘层的，当周围有血管随着你的岁数增加，在不断的迂曲、延长、变硬的过程中，会压在舌咽神经根部，如果把舌咽神经之间的神经纤维的皮给压破了，舌咽纤维就连电了，一连电就会引发舌咽神经痛的症状。它的最薄弱区域就是位于舌咽神经的根部，所以舌咽神经刚从脑干发出的根部受到周围血管挤压，是导致舌咽神经痛的最主要的发病原因。也有一少部分病人不是由于血管挤压引发的，有可能是由于舌咽神经本身的炎症或者是长肿瘤，把神经压坏了导致的舌咽神经痛。