治疗舌咽神经痛的首选治疗方法就是微血管减压术。由于这种手术方式可以直接找到压迫舌咽神经根部，导致舌咽神经痛的病因，把血管人为的给推开，推开之后固定好别再回来，把病因给去掉，所以这种手术方式治愈率可以达到99%以上。舌咽神经痛还有其它的治疗方法，比较姑息的，比如射频热凝、神经阻滞，可以直接把舌咽神经给破坏掉，不让它传导神经纤维信号，也可以去除疼痛。但这种方法由于并发症高、复发率高，所以不作为首选治疗方法。