脑血栓的治疗药物比较多，相对而言没有最好的药物，只有适合患者的药物，因为每个人的病情不一样，所以适合的药物并不一样。
如果患者是因为糖尿病、高血压、高脂血症，高同型半胱氨酸血症以及痛风症类疾病导致的大脑动脉硬化、大脑动脉斑块形成，应该首先考虑口服调节血脂的药物，优先考虑阿托伐他汀钙（立普妥）20mg，每天晚上口服一次。
同时建议长期口服阿司匹林，每天晚上100mg睡前服用。如果患者是脑栓塞，比如快速房颤，应该长期口服华法林。