脑梗死并发症有急性期并发症及慢性期并发症。静脉溶栓出现并发症，出血和药物过敏，局部可能出现牙龈出血，还有结膜出血，对于治疗是没有任何影响的。脑出血，患者出现头痛、呕吐或者是神经功能缺损的症状可能加重；
过敏出现喉头水肿，导致呼吸道梗阻。另外，咽喉部肌肉瘫痪，咳嗽反射消失，病人会出现口腔分泌物和食物误吸，表现吸入性肺炎，肺部感染是最常见的并发症；泌尿系感染、应激性消化道出血、癫痫、下肢静脉血栓。
下肢静脉血栓会造成严重的并发症急性肺栓塞，会导致患者短时间内死亡。褥疮、代谢紊乱综合征（代谢性酸中毒、代谢性碱中毒）离子紊乱（低钾血症、低钠血症、高钾血症、高钠血症）。慢性期并发症，坠积性肺炎、肢体废用性萎缩、关节挛缩及畸形、褥疮、梗塞后癫痫发作、营养不良、低蛋白血症。