肛门瘙痒主要是由于肛门周围湿疹，或肛门周围皮肤过敏反应产生荨麻疹所导致。针对肛门湿疹的药膏，以缓解肛门潮湿的药膏为主，如马应龙痔疮膏、肛泰软膏，可以改善肛门区血液循环，减轻肛门充血、肿胀，缓解肛门潮湿症状。另外，可使用硼酸氧化锌软膏、炉甘石洗剂等，这些药物可使肛门皮肤变得干燥，对治疗湿疹有很好的效果。
如果是由于过敏反应导致的肛门瘙痒，可以在肛门区使用吡美莫司乳膏、他克莫司软膏、氟轻松软膏局部涂抹，同时口服抗过敏药物，如西替利嗪、氯雷他定等来抗过敏止痒。