治疗流感主要的药物是抗病毒的药物，即神经氨酸酶抑制剂，一般会在48小时之内服用，常用的是口服的药，比如奥司他韦。对于不能够口服或者病情比较严重的，也可以选用静脉的神经氨酸酶抑制剂，比如帕拉米韦。另外，还有一种吸入的神经氨酸酶抑制剂，称为扎那米韦，这是个吸入剂，对于普通流感是有效的，但是如果合并了肺炎，扎那米韦效果不好。
对于年轻人，如果本身没有基础疾病，抗病毒的药物也可以不用。本身流感是一种自限性疾病，但是对于重症的高危人群，比如老年人、婴幼儿、本身有严重的基础疾病的、孕妇、肥胖人群得了流感之后容易发展为重症，所以要求48小时之内应该使用抗病毒的药物。除了抗病毒药物以外，一般还会用到退烧的药物，常用的对乙酰氨基酚和布洛芬，一般在38.5℃以上开始使用退烧药物，如果达不到38.5℃，可以采用物理降温方法。