儿童肾病综合征主要的治疗包括一般治疗，注意卧床休息。特别是严重的水肿患儿，伴有高血压，需要卧床休息，同时要注意限制水和盐的摄入。在病情缓解以后，可以不必再继续限制食盐量。一旦有感染的迹象，应该及时进行抗感染治疗，同时给予利尿药物，比如呋塞米。此外，糖皮质激素是治疗肾病综合征比较有效的药物。其他的包括免疫抑制剂，适用于对激素部分敏感或者耐药的情况，选用的药物有环磷酰胺、环孢素。其他的还包括抗凝治疗，应用肝素钠、尿激酶等，以防止血栓形成。