小脑扁桃体下疝畸形的手术风险是比较高的。小脑扁桃体下疝是一种先天性的发育异常，主要是因为颅颈交界位置的发育畸形导致，比如存在扁平颅底、颅底凹陷，都是可以导致出现小脑扁桃体下疝等。下疝的小脑扁桃体可以向前方压迫延髓，也容易引起脊髓空洞症。对于下疝比较严重，超过7mm的是需要进行手术处理的。手术的风险是比较高的，需要进行后颅窝减压、硬脑膜扩大修补，以及下疝小脑扁桃体切除。手术过程中有可能对于前方的脑干造成损伤，危及到生命，甚至导致呼吸、心跳的突然停止。手术过程中一旦损伤到了血管，是有可能影响脑干血供的，会出现脑干梗死。手术也有出现术后感染、术后出血的风险，有出现复发的可能性。