慢性肾功能衰竭的口臭主要是由于毒素蓄积引起的，尤其是尿素氮，所以治疗主要是排毒为主，可以应用药用炭片、尿毒清颗粒或者海昆肾喜胶囊等排毒治疗。平时要注意多漱口，勤刷牙，保持口腔清洁。
要控制蛋白的摄入量，因为摄入过多的蛋白容易产生过多的尿素氮，每天每公斤体重在0.8g以下为标准，同时服用α-酮酸。如果慢性肾衰达到尿毒症期，需要给予血液透析治疗有效清除毒素。
另外，因为慢性肾衰的患者抵抗力比较低，容易出现感染。如果出现口腔感染，比如牙龈脓肿，也会出现口臭症状。要排除这种可能性，必要的时候给予抗生素抗感染治疗。