腘窝囊肿进行检查主要有以下几种方法：第一种是进行人工的查体，通过局部的望、触、动、量等操作判断腘窝囊肿大约有多大，它的性质是什么样，并且对周围的组织有没有影响，比如用手进行腘窝囊肿按压，如果产生明显的麻木感觉，说明腘窝囊肿离神经已经比较近。如果按压时间长久之后，出现远端肢体有明显的发暗以及肿胀情况，说明静脉已经受到挤压。第二种是采取彩超检查，彩超能够明显看清腘窝囊肿大小、质地、形状以及对周围组织的影响，可以进行初步判定。第三种是磁共振检查，磁共振检查对于软组织看的更加清楚，能够对疾病的具体情况行进一步的确认。