补牙的时候会疼，是因为当发生虫牙以后，实际上暴露的牙齿是牙本质。牙本质中含有牙本质小管，当外界刺激发生以后，刺激会通过牙本质小管传导到牙齿内部的髓腔，髓腔内有牙神经，所以会导致补牙的时候感觉到酸痛和不适。
如果牙齿上有一个大洞，补牙进行根管治疗，在整个的根管治疗的几个步骤当中，如根管预备和根管充填，完成以后牙齿可能会有短时间的胀痛反应。所以当补牙的时候都有可能会发生疼痛现象，一般龋齿的补牙疼痛可以耐受，而根管治疗需要打麻药来进行。