伤寒的并发症有肠出血、肠穿孔、中毒性肝炎、中毒性心肌炎、支气管肺炎。肠出血是伤寒最常见的并发症，多出现在病程2-3周，发生率为2%-15%，成人比小儿多见，常有饮食不当、活动过多、腹泻，以及排便用力过度等诱发因素，大量出血时患者常表现为体温突然下降、头晕、口渴、恶心、烦躁不安等症状，体检可发现患者面色苍白、手足冰冷、呼吸急促、脉搏细数、血压下降等休克体征。
肠穿孔为最严重的并发症，发生率为1%-4%，常发生于病程的第2-3周，穿孔部位多发生在回肠末端，成人比小儿多见，穿孔可发生在经过病原治疗，患者病情明显好转的数天内，穿孔前可有腹痛、腹胀，或肠出血等前兆。患者的临床表现为右下腹突然疼痛，伴恶心、呕吐以及四肢冰冷、呼吸急促、脉搏细数、体温和血压下降等休克表现，经过1-2个小时，腹痛和休克症状可暂时缓解，但不久后腹痛持续性加剧，出现腹胀、腹壁紧张、全腹压痛、反跳痛，肠鸣音消失等症状。