肝胆管结石的治疗方法主要有内科保守治疗和外科手术治疗。对于没有症状、没有肝内胆管局限性扩张的三级胆管以上的结石是不需要特殊治疗的，或者可以口服一些消炎利胆类的药物或者定期复查。
如果是反复发作胆管炎的肝胆管结石，就需要采取手术治疗的措施了。手术的原则是取净肝胆管结石，去除结石所在的病灶，通畅肝胆管的引流，防止结石的复发。根据不同的部位是否合并胆管狭窄以及肝脏萎缩的情况，可以分别采取肝切除手术、胆管小肠吻合术、胆管切开取石术、肝移植术等手术方式来治疗。